医院先后获得“全国卫生系统先进集体”“全国卫生系统行风建设先进单位”“中医药科技管理工作先进集体”“全国中医护理先进集体”“全国医院（卫生）文化建设先进单位”（4次）“全国卫生系统思想政治工作先进单位”、“全国百家改革创新医院”、“全国人文爱心医院”、“中国抗疫医疗专家组组派工作表现突出单位”等称号，连续六届荣获“全国文明单位”称号。
2003年，医院在全疆三级甲等医院中率先通过了ISO9001：2000质量管理体系认证。2013年，医院伦理委员会被世界中医药学会联合会伦理审查委员会确定为“中医药临床研究伦理审查平台”单位。